刘辉

教育背景

2006.9 - 2010.1复旦大学     博士 计算机软件与理论 导师：周水庚

 2002.9 - 2004.7南京大学     硕士 软件工程 导师：陈家骏

1998.9 - 2002.7东北石油大学 学士 应用数学

工作履历

2014.7 –现在    副教授 常州大学  

2014.6 – 2016.1博士后 南洋理工大学(新加坡)

2010.1 – 2014.7讲师 常州大学  

2004.8 – 2006.7软件工程师 中兴通讯南京研发中心

主要研究领域

机器学习  生物医药大数据

教研成果

1. 常州大学青年教师教学技艺大赛三等奖，2013年

2. 江苏省本科优秀毕业设计三等奖指导教师，2010年

科研成果

论文（按发表时间排序，仅列出近五年第一/通信作者论文，分区按中科院分区小类）

1. Hui Liu, Wenhao Zhang, Yinglong Song, Lei Deng*, Shuigeng Zhou*. HNet-DNN: inferring new drug-disease associations with deep neural network based on heterogeneous network features. Journal of Chemical Information and Modeling, 2020 (in press). (IF=3.996, SCI 一区)

2. Hui Liu, Wenhao Zhang, Bo Zou, Jinxian Wang, Yuanyuan Deng, Lei Deng. DrugCombDB: a comprehensive database of drug combinations toward the discovery of combinatorial therapy. Nucleic Acids Research, D1:D871-D881, 2020. (影响因子:11.147，SCI一区)

3. Hui Liu, Wenhao Zhang, Lixia Nie, Xiancheng Ding, Judong Luo, Ling Zou . Predicting effective drug combinations using gradient tree boosting based on features extracted from drug-protein heterogeneous network. BMC Bioinformatics, 2019, 20:645. (影响因子:2.511,  SCI 二区)

4. Lei Deng, Guolun Zhong, Chenzhe Liu, Judong Luo, Hui Liu*. MADOKA: an ultrafast approach for large-scale protein structure similarity searching. BMC Bioinformatics, 2019, 20(Suppl 19):662. (影响因子:2.511, SCI 二区)

5. Lei Deng, Wenyi Yang, Hui Liu*. PredPRBA: Prediction of Protein-RNA BindingAffiffiffinity Using Gradient Boosted Regression Trees. Frontiers in Genetics 2019, 10:637.  (影响因子:3.517, SCI 二区)

6. Lei Deng, Youzhi Liu, Yechuan Shi, Hui Liu*. A deep neural network approach using distributed representations of RNA sequence and structure for identifying binding site of RNA-binding proteins. Proceeding of the IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine ,10.1109/BIBM47256.2019.8983345, 2019. (CCF-B类)

7. Lei Deng, Hui Wu, Hui Liu*. D2VCB: A Hybrid Deep Neural Network for the Prediction of in-vivo Protein-DNA Binding from Combined DNA Sequence. Proceeding of the IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine, 10.1109/BIBM47256. 2019.8983051, 2019. (CCF-B 类)

8. Lei Deng, Juan Pan, Xiaojie Xu, Wenyi Yang, Chuyao Liu and Hui Liu*. PDRLGB: precise DNA-binding residue prediction using a light gradient boosting machine. BMC Bioinformatics, 2018, 19 (Suppl 19) :522. (影响因子:2.213, SCI 二区)

9. Lei Deng, Junqiang Wang, Yun Xiao, Zixiang Wang, Liu Hui*. Accurate prediction of protein-lncRNA interactions by diffffusion and HeteSim features across heterogeneous network. BMC Bioinformatics, 2018, 19:370. (影响因子:2.213, SCI 二区)

10. Lei Deng, Xiaojie Xu, Liu Hui*. PredCSO: an ensemble method for prediction of S-sulfenylation sites in proteins, Molecular BioSystems, 2018, 14:257-265. (影响因子:2.781,  SCI 三区)

11. Hui Liu, Zhanzhan Cheng, Jianjiang Sun, Jihong Guan, Jie Zheng, Shuigeng Zhou. Sparse linear modeling kinase inhibition network for predicting combinatorial drug sensitivity in cancer cells. Current Bioinformatics, 2018, 13(5):437-443(7). (影响因子:0.6 , SCI 四区)

12. Hui Liu, Wai Lam, Jihong Guan, Shuigeng Zhou. A New Hybrid Method for Learning Bayesian Networks: Separation and Reunion. Knowledge-Based Systems, 2017, 121:185–197. (影响因子:4.529, SCI 二区)

13. Hui Liu, Fan Zhang, Shital Kumar Mishra, Shuigeng Zhou and Jie Zheng. Knowledgeguided fuzzy logic modeling to infer cellular signaling networks from proteomic data. Scientifific Reports, 2016, 6: 35652. (影响因子:4.259, SCI 二区)

14. Hui Liu, Mengmeng Guo, Ting Xue, Jihong Guan, Libo Luo, Ziheng Zhuang. Screening lifespan-extending drugs in Caenorhabditis elegans via label propagation on drugprotein networks. BMC System Biology, 2016, 10(Suppl 4):131. (影响因子:2.303, SCI 三区)

15. Hui Liu, Yinglong Song, Jihong Guan, Libo Luo, Ziheng Zhuang. Inferring new indications for approved drugs via random walk on drug-disease heterogenous networks. BMC Bioinformatics, 2016,17(Suppl 17):539. (影响因子:2.448, SCI 二区)

16. Guo Jing, Liu Hui*, Zheng Jie. SynLethDB: synthetic lethality database towards discovery of selective and sensitive anticancer drug targets. Nucleic Acids Research, 2016, 44(D1):D1011-7. (影响因子:10.162, SCI 一区)

17. Hui Liu, Jianjiang Sun, Jihong Guan, Jie Zheng and Shuigeng Zhou. Improving compound protein interaction prediction by building up highly credible negative samples. Bioinformatics (ISMB/ECCB 2015), 2015, 31(12):i221-i229. (影响因子:7.307,SCI一区)

研究项目

1. 国家自然科学基金面上项目，基于癌细胞分子网络的组合药物筛选研究（项目编号：61672113），2017/01-2020/12，62 万元，在研，主持；

2. 国家自然科学基金青年基金项目，核小体定位在基因表达调控中的功能预测（项目编号：31100954），2012/01-2014/12，23 万元，已结题，主持；

3. 国家自然科学基金重大研究计划，城市洪涝灾害预警与全景式决策云平台（项编号：91846203），2019/01-2022/12，60 万元，在研，参与；

4. 国家自然科学基金面上项目，基于单细胞多层次组学数据的肿瘤异质性及其调控机制研究（项目编号：61772128），2018/01-2021/12，59 万元，在研，合作主持 (2/7)；

5. 国家自然科学青年基金项目，通过全基因组 RNAi 方法筛选果蝇 Toll 信号通路新成员（项目编号：31300707），2014/01

6. 2016/12，23 万元，已结题，参与 (2/6)；

7. 上海市智能信息处理重点实验室开放课题，基于生物信息计算的核小体定位预测方法研究（项目编号：iipl-2010-011），2011/01

8. 2012/12，2 万元，已结题，主持；

9. 常州大学人才引起科研启动基金，基于概率图模型的基因调控网络建模研究（项目编号：ZMF11020011），2010/9

10. 2012/12，10 万元，已结题，主持；

11. 国家重点基础研究发展计划项 (973 项目) 子课题，重要热带作物木薯品种改良的基础研究（项目编号：2010CB126600），2010/01

12. 2014/12，167 万元，已结题，参与；

13. 国家高技术研究发展计划 (863 项目)，XML 数据组织与检索在地理信息中的应用（项目编号：2009AA01Z135），2009/10

14. 2010/ 12，68 万元，已结题，参与；

15. 常州市科技支撑计划项目，针对超级细菌的抗菌中药组分筛选及临床前研究（项目编号：20110997），2012/05

16. 2014/05，5 万元，已结题，参与；

17. MOE(Ministry of Education), Academic Research Fund (AcRF) Tier 2, ComputationalSystems Biology of Synthetic Lethality towards New Cancer Medicine，(ARC 39/13)，2014/2

18. 2017/1，S$514,665，已结题，参与；

获奖

1. 教育部高校科学研究优秀成果奖自然科学奖二等奖，面向生物组学数据的计算预测方法，排名第六

2. 常州市自然科学优秀科技论文三等奖，2013 年，排名第一

专利/软件著作权

1. 高通量基因测序大数据云平台系统, 发明专利 (20180228004.3，公开实审)，独立发明人

2. 面向基因测序大数据的云存储方法，发明专利 (20180314885.0，公开实审)，独立发明人

3. 生物医药大数据管理与分析云服务系统 V1.0，软件著作权 (2017SR494088)，全部权利

4. 基于微信小程序的生物医学大数据云计算移动端 App 软件, 软件著作权 ( 2018R11L344852)，全部权利